Nhiều dự án BOT do không đấu thầu mà chỉ định thầu nên tổng mức đầu tư ban đầu được đưa lên rất cao, chỉ khi quyết toán dự án mới thấy cái giá phải trả cho việc chỉ định thầu.
Mới đây, một số nhà đầu tư dự án BOT mở rộng quốc lộ 1A và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên đã trình quyết toán dự án lên Bộ Giao thông Vận tải (GTVT). Theo đó, tổng mức đầu tư thực thấp hơn so với tổng mức đầu tư ban đầu được duyệt. Đơn cử như dự án BOT đường Hồ Chí Minh đoạn đi qua tỉnh Đắk Nông, tổng mức đầu tư ban đầu là 1.023 tỉ đồng, tuy nhiên khi báo cáo quyết toán chỉ là 634 tỉ đồng. Đoạn qua tỉnh Gia Lai, nhà đầu tư báo cáo quyết toán là 1.298 tỉ đồng nhưng tổng mức đầu tư phê duyệt ban đầu tới 1.775 tỉ đồng.